Fundamentalmente existen dos tipos genéricos de climas: Los templados húmedos que se presentan en las partes altas de las sierras y los secos que se localizan en el resto del municipio, en ambos climas se caracterizan por fuertes oscilaciones térmicas y pluviométricas. Además se tienen registrados 6 tipos o subtipos de climas, prevaleciendo el clima muy seco semicálido (Bwh), que se manifiesta en el 43.54% de la superficie del territorio municipal, siguiéndole el clima seco templado (BSk), existente en el 24.25% del territorio, en tercer lugar el clima muy seco templado (BWk) que se manifiesta en el 18.94% del municipio incluyendo la zona de la ciudad de Ensenada. El resto de la superficie se distribuye en clima muy seco muy cálido, semifrío subhúmedo con lluvias en invierno, con el 7.08%, 3.54% y 2.65% de la superficie del municipio respectivamente. En el Municipio de Ensenada La principal característica es que las lluvias caen en invierno y no en verano como sucede en el resto de país.

Las temperaturas mínimas y máximas registradas dependen de la región y la localidad con fuertes oscilaciones, habiéndose registrado las siguientes temperaturas en promedio anual durante el período de 1982 a 1999.

El agua no puede considerarse abundante en la región, las sequías se presentan por temporadas largas. Cuando se presentan lluvias abundantes y regulares, se pierden por la falta de infraestructura para su retención, por consiguiente se realiza un escurrimiento directo al mar sin ser aprovechadas.